Om handelstvister som rör WTO-åtaganden uppstår, kan en WTO-medlem inleda ett samråd med ett annat medlemsland. Om där inte sker någon framgång har ett medlemsland rätt att begära att en s.k. panel till-sätts av WTO:s tvistlösningsorgan (DSB), för att avgöra om motparten har brutit mot sina avtalsåtaganden. Medlemsländerna har även möjlighet att överklaga ett panelbeslut till överprövningsorganet (AB).

Om en panel slår fast att ett land brutit mot sina WTO-åtaganden måste den förlorande parten antingen implementera panelens rekommendatio-ner eller inleda förhandlingar om kompensation. Med kompensation av-ses marknadstillträdesmedgivanden såsom tullsänkningar – inte finansiell kompensation.

Om ett land varken implementerar ett utslag eller erbjuder kompensation har den klagande parten rätt att införa motåtgärder. Detta är dock mycket ovanligt. En majoritet av tvisterna löser sig i samrådsfasen. I de närmare 370 tvistlösningsärenden som WTO har handlagt sedan starten 1995 har motåtgärder införts vid fyra tillfällen – i de uppmärksammade s.k. banan-, hormon-, FSC- och Byrd-tvisterna, då en extratull infördes på import av vissa varor från det förlorande medlemslandet.